Quân Mông Cổ cướp bóc vùng đất này nặng nề đến độ ngay cả các thủ phủ, như Moskva hay Tver, cũng không còn đủ tiềm lực xây mới nhà thờ bằng đá trong suốt hơn nửa thế kỷ. Tuy vậy, Novgordo và Pskov đã thoát khỏi ách thống trị của Mông Cổ và trở thành những vùng đất thương mại phát triển. Hàng tá nhà cửa thời trung cổ tọa lạc tại những thành phố này (xây từ thế kỷ 12 và sau đó) đã được trùng tu. Các nhà thờ ở Novgorod (như Nhà thờ Biến hình ở đường Iliyan, xây năm 1374) được cất mái nghiêng và chạm khắc gồ ghề, một số nhà thờ chứa những bức tranh bích họa trung cổ lộng lẫy. Các nhà thờ nhỏ xinh ở Pskov mang đến nhiều yếu tố hoàn toàn mới: vòm cung nhọn (corbel arch), gian nhà che cửa chính (church porch), gian ngoài trưng bày tranh tượng và tháp chuông. Tất cảnh những đặc điểm này đã được thợ nề Pskov đưa tới Moskva. Tại Moskva, trong suốt thế kỷ 15, họ hoàn thành hàng loạt công trình, bao gồm cả Nhà thờ Áo choàng Đức mẹ đồng trinh ở điện Kremlin Moskva (1484) và Nhà thờ Thánh Linh Ba Ngôi của Thánh Sergius, xây năm 1476.

Không nhiều nhà thờ xây ở Moskva vào thế kỷ 14, và niên đại chính xác vẫn còn là vấn đề tranh cãi. Các công trình tiêu biểu ở Nikolskoe (gần Ruza, có lẽ xây từ thập niên 1320) và Koloma (có lẽ từ thập niên thứ hai của thế kỷ 14), chỉ là những nhà thờ nhỏ bé, có một mái vòm và được gia cố phòng vệ cẩn thận; vật liệu xây dựng là đá đẽo gọt thô và có thể chống cự được một cuộc vây hãm ít ngày. Với việc xây dựng Nhà thờ chính tòa Thăng thiên ở Zvenigorod (có lẽ từ năm 1399), thợ nề Moskva đã tìm lại được kỹ nghệ của tiền bối thời kỳ tiền Mông Cổ và giải quyết được một số vấn đề xây dựng từng làm khó bậc tiền nhân. Các công trình biểu tượng cho kiến trúc Moskva thời kỳ đầu là Tu viện Ba ngôi của Thánh Sergius (1423), Tu viện Savvin thành Zvenigorod (có lẽ 1405) và Tu viện Thánh Andronik ở Moskva (1427).

Đến cuối thế kỷ 15, Moskva đã trở thành một thành quốc hùng mạnh, từ đó đặt ra yêu cầu cần xây dựng những công trình nguy nga, nhiều mái vòm để sánh ngang với những nhà thờ xây từ thời tiền-Mông Cổ ở Novgorod và Vladimir. Moskva tái dựng những công trình ở Vladimir thành ba nhà thờ chính tòa lớn ở khu vực Kremlin Moskva và trang trí theo mô-típ Italia thời Phục Hưng. Suốt thế kỷ 16, khắp nước Nga học tập kiến trúc các nhà thờ Kremlin đầy tham vọng này (trong số đó có Nhà thờ Thăng thiên và Nhà thờ Tổng lãnh thiên thần), và hơn thế, càng về sau các công trình xây dựng càng lớn hơn và trang trí công phu hơn những công trình trước đó (ví dụ như Nhà thờ chính tòa Hodegetria của nữ tu viện Novodevichy xây vào thập niên 1520)

Ngoài nhà thờ, nhiều dạng công trình kiến trúc khác khởi nguồn từ thời trị vì của Ivan III. Trong đó bao gồm thành trì (Kitai-gorod, thành Kremlin (các tháp canh ta thấy hiện này được xây sau này), Ivangorod), tháp chuông (tháp chuông Ivan Vĩ đại), và các cung điện (Điện Facet và Điện Uglich). Một lý do giải thích cho số lượng lớn cùng sự đa dạng các loại hình công trình là vì giới kiến trúc sư Italia thuyết phục được người Moskva bỏ dần vật liệu đá vôi tuy uy nghiêm nhưng khó sử dụng và đắt đỏ, thay vào đó nên dùng gạch để làm vật liệu xây dựng chính, vừa nhẹ hơn lại vừa rẻ hơn.